وقتی که بنی صدر به فکر فرار افتاد و در مخفیگاهی پنهان شد، نیروهای انقلاب در پی بنی صدر می‌گشتند و خانم بنی صدر را با خانم سودابه سدیفی گرفتند و به مرحوم بهشتی مژده دادند که خانم بنی صدر را دستگیر کرده‌ایم. اکنون بنی صدر هرجا باشد خود را تسلیم می‌کند. با وجود آن همه سوابق، مرحوم بهشتی سخت برآشفت و گفت: «ما حق نداریم یک زن را تسلیم کنیم، در حالی که هیچ تقصیری ندارد الا اینکه زن بنی صدر است و شوهرش به خاطر خیانت به کشور تحت تعقیب است.» و دستور داد که فورا او را آزاد کنند.

از نظر اخلاقی و روحی، جهات مثبت و برجستگی‌های ویژه داشت. منصف بود. در کاری که با حرکت دیگران انجام داده بود سهم خود را کم و سهم دیگران را مهم وقابل توجه می دانست. هیچ گاه نشد که کار دیگران را به خود نسبت دهد یا تلاش دیگران را نادیده بگیرد. حتی با کسی که با او غیرمنصفانه و ظالمانه رفتار کرده بود با انصاف و عدل برخورد می‌کرد. بنی صدر یکی از اشخاصی بود که بی‌جا با او دشمنی می‌ورزید چون او را رقیب خود و خود را رقیب او می‌دانست، بی‌رحمانه او را می‌کوبید. درحالی که او پس از انتخاب بنی صدر به ریاست جمهوری به حضرت امام پیشنهاد کرد که فرماندهی کل قوا را به او بدهد (چون معتقد بود که اگر رئیس جمهور قوای مسلح را در اختیار نداشته باشد نمی‌تواند وظایف ریاست جمهوری را درست انجام دهد). البته حضرت امام تامل داشت که این کار را بکند یا نه. شهید بهشتی پیشنهاد کرد و اصرار ورزید و دوستان دیگر هم تایید کردند تا سرانجام امام قبول کرد و فرماندهی کل قوا را به او تفویض کرد. غیر از این، در چند مورد دیگر هم مرحوم شهید بهشتی به کمک و مساعدت بنی صدر شتافت ولی او بدترین دشمنی ها را با بهشتی کرد. در جریان تصویب پلیس قضایی با صراحت مخالفت می‌کرد و می‌گفت،«قصد بهشتی از ایجاد پلیس قضایی این است که نیروی مسلح را در اختیار داشته باشد.» پس از فوت آیت‌الله سید محمود طالقانی، روزی بنی صدر که از مسافرتی داخلی بازگشته بود، در مجلسی با خنده و تمسخر گفت: «اهالی آن شهر شعار می‌دادند و می‌گفتند: بهشتی طالقانی را تو کشتی.» همه اهل مجلس از این توهین ناراحت شدند. وقتی که بنی صدر به فکر فرار افتاد و در مخفیگاهی پنهان شد، نیروهای انقلاب در پی بنی صدر می‌گشتند و خانم بنی صدر را با خانم سودابه سدیفی گرفتند و به مرحوم بهشتی مژده دادند که خانم بنی صدر را دستگیر کرده‌ایم. اکنون بنی صدر هرجا باشد خود را تسلیم می‌کند. با وجود آن همه سوابق، مرحوم بهشتی سخت برآشفت و گفت: «ما حق نداریم یک زن را تسلیم کنیم، در حالی که هیچ تقصیری ندارد الا اینکه زن بنی صدر است و شوهرش به خاطر خیانت به کشور تحت تعقیب است.» و دستور داد که فورا او را آزاد کنند. مردمگرا بود و از کاری که برای مردم قابل هضم نبود، حذر می‌کرد و می‌گفت: «یا برخلاف افکار عمومی کاری نشود یا تلاش کنیم مردم را در جریان کارها قرار دهیم و تحریک عواطف نکنیم. باید مردم ملتهب نباشند، هرچند که اعتراض ننمایند.»