پس از بازگشت به ایران در خرداد 1349 پایان‌نامه دکتری خود با عنوان «مسائل مابعدالطبیعه در قرآن» را به راهنمایی مرحوم استاد دکتر محمود شهابی در گروه فلسفه و حکمت اسلامی دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه تهران به مدیریت استاد شهید مرتضی مطهری تکمیل می‌نماید. در روز سه شنبه 1/11/1352، جلسه دفاع با داوری آقایان؛ استاد شهید مطهری، دکتر مصلح، دکتر آریان‌پور و شهید دکتر محمد مفتح برگزار و پایان‌نامه ایشان با درجه بسیار خوب پذیرفته می‌شود.

رساله  کارشناسی ارشد 

رساله دکترا

سید محمد حسینی بهشتی که تا سال 1325 در اصفهان به تحصیل علوم دینی و نیز دبیرستان اشتغال داشت، در این سال به قم آمد و موقتاً از دبیرستان ترک تحصیل کرد. این در حالی بود که از دانش آموزان تیزهوش و برجسته دبیرستان سعدی، یکی از دو دبیرستان ممتاز اصفهان، به شمار می‌رفت. ورود به قم و سکنی گزیدن در مدرسه حجتیه، او را به صورت تمام وقت درگیر دروس خارج مرحوم آیت‌الله داماد، مرحوم آیت‌الله بروجردی و مرحوم آیت‌الله خمینی کرد، به نحوی که فرصتی برای ادامه تحصیلات نظام جدید باقی نماند. با این همه، دو سال باقیمانده دبیرستان را به صورت متفرقه امتحان داد و با دیپلم ادبی، در سال 1327، آزمون دانشکده معقول و منقول (الهیات) دانشگاه تهران که در آن زمان در مدرسه سپهسالار (مدرسه عالی شهید استاد مطهری کنونی) و به ریاست مرحوم استاد بدیع‌الزمان فروزانفر شکل گرفته بود، شرکت کرد. به گفته آقای دکتر مهدی محقق، در آن آزمون، بهشتی رتبه نخست و مهدی محقق رتبه دوم را احراز کردند، لکن مقرر شد که فرزند امام جمعه تهران به عنوان نفر اول، و آقایان بهشتی و محقق به ترتیب به عنوان نفرات دوم و سوم اعلام شوند. بهشتی در رشته معقول (فلسفه) و محقق در رشته منقول (فقه) پذیرفته شدند. سنوات تحصیلی برای دوره کارشناسی (لیسانس) در آن زمان سه سال بود و دانشجویان موظف به تحقیق و تألیف رساله بودند. آقای بهشتی در تاریخ 7/9/1329، موضوع پایان‌نامه کارشناسی خود را با عنوان «تحقیق درباره بساطت یا ترکب جسم» به راهنمایی استاد محمود شهابی به تصویب می‌رساند. در تاریخ پنجشنبه 25 مهرماه 1330، از پایان‌نامه خود در حضور اساتید داور، آقایان؛ مرحوم استاد محمود شهابی، مرحوم استاد حسینعلی راشد و مرحوم استاد مهدی الهی قمشه‌ای با درجه «اعلی» دفاع کرده و موفق به اخذ دانشنامه می‌شود. بهشتی در تاریخ 10/6/1335 تقاضای شرکت در دوره دکتری می‌کند و در تاریخ 15/9/1335 در رشته فلسفه اسلامی پذیرفته می‌شود. پایان تحصیل در دوره دکتری با دوره پرالتهاب اوایل دهه 1340 مصادف است؛ سال‌هایی که بهشتی از ریاست دبیرستان دین و دانش قم برکنار، از خدمت منفصل و به تهران تبعید می‌شود. سال‌های 1344 تا 1349 که مصادف با دوران اقامت آقای بهشتی در آلمان و ریاست مرکز اسلامی هامبورگ است خود داستانی مفصل دارد. پس از بازگشت به ایران در خرداد 1349 و ممنوع‌الخروج شدن توسط ساواک، از سوی آقایان؛ شهید دکتر محمدجواد باهنر، مرحوم دکتر سیدرضا برقعی و مرحوم علی گلزاده غفوری، به همکاری با گروه تدوین کتاب‌های تعلیمات دینی سازمان تألیف کتاب‌های درسی دعوت می‌شود و در همان حال، پایان‌نامه دکتری خود با عنوان «مسائل مابعدالطبیعه در قرآن» را به راهنمایی مرحوم استاد دکتر محمود شهابی در گروه فلسفه و حکمت اسلامی دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه تهران به مدیریت استاد شهید مرتضی مطهری تکمیل می‌نماید. در روز سه شنبه 1/11/1352، جلسه دفاع با داوری آقایان؛ استاد شهید مطهری، دکتر مصلح، دکتر آریان‌پور و شهید دکتر محمد مفتح برگزار و پایان‌نامه ایشان با درجه بسیار خوب پذیرفته می‌شود. این پایان‌نامه، پس از بازنگری دقیق و ویرایش مجدد متن که با تلاش حجت‌الاسلام دکتر جواد اژه‌ای صورت گرفته است، با عنوان «خدا از دیدگاه قرآن» منتشر می‌گردد. متن هر دو رساله کارشناسی و دکتری شهید آیت‌الله دکتر بهشتی را در اینجا ملاحظه می‌کنید.

رساله  کارشناسی ارشد 

رساله دکترا