کتاب ‌ « طرح علمی مؤسسه تحقیقاتی مسائل اسلامی » از دو نوشتار و یک گفتار تشکیل شده است. دو نوشتار «طرح علمی مؤسسه تحقیقاتی مسائل اسلامی» پس از بازگشت از آلمان در سال ۱۳۴۹ به رشته تحریر در آمده است و نمایانگر ایده‌های شهید آیت‌الله دکتر بهشتی در زمینه تربیت محققان و مبلغان تراز نوین برای دو امر فهم و فهماندن اسلام به عنوان آئین زندگی انسان معاصر است. این طرح را می‌توان الگوی اجتماعی‌سازی «طرح کوششی تازه در راه شناخت تحقیقی اسلام» دانست که پیش از این در مجموعه تک‌گفتارها منتشر شده است.

به یک معنا، این سه طرح در مجموع، نمایانگر اندیشه‌ها و تجربیات شهید بهشتی در جهت شکل‌گیری حرکتی سازمان‌یافته و دانش‌بنیان برای گسترش و رشد نواندیشی دینی است. وی که خود در دوره چندساله اداره مرکز اسلامی هامبورگ تجربه‌های عملی گرانقدری به دست آورده بود، امید داشت دستاوردهای آن سال‌ها و نیز تلاش‌هایی که پیش از آن به همت وی بنیان گذاشته شده بود، بتواند در قالب یک حرکت دسته‌جمعی منسجم‌تر و دارای برنامه‌ریزی‌های دقیق‌تر، راه را برای معرفی صحیح‌تر اسلام هموار کند. گزارش کار شهید بهشتی در آلمان در گفتاری که در ۱۲ خردادماه ۱۳۴۹ در حسینیه ارشاد ایراد شد، نمونه عملی جالب توجهی از تجربه چنین دیدگاهی است که در بخش پایانی کتاب حاضر تقدیم خوانندگان گرامی شده است.